Phyla ou Règnes de Bactéries

Lignées principales définies par les données de séquence 16SrRNA

1. Protéobactéries La plupart des bactéries « gram-négatives ». Très différents morphologiquement et physiologiquement.

Par ex.

Photosynthèse Chez les bactéries violettes

– photosynthèse anoxygénique

– Flux d’électrons cyclique

– formation d’un gradient de protons, qui entraîne l’atpsynthèse

– le carbone peut être acquis hétérotrophiquement

– pour se développer autotrophiquement, ces organismes doit également produire un pouvoir réducteur (NADH ou NADPH) afin qu’ils puissent réduire le co2 aux sucres

Chimiolithotrophie, y compris

– Oxydation de l’hydrogène

– Oxydation des sulfures

– Bactéries nitrifiantes: L’oxydation complète de l’ammoniac en nitrate

– Respirations anaérobies inhabituelles:

Méthanotrophie et méthylotrophie

Fixation N libre

Pathogenèse

Divisé en subdivisions alpha, bêta, gamma, delta et epsilon, également basées sur la séquence d’ADNr 16S.

Notez que les groupes 16S ne correspondent pas très bien aux classifications phénotypiques!

Pseudomonas

bâtonnets G, flagellation polaire, mobiles, respiratoires, métaboliquement très divers (chimiolithotrophie, réduction des nitrates, utilisation de l’arginine comme accepteur d’électrons, etc.

Bactéries entériques

G-, bâtonnets non sporulants, non mobiles ou mobiles par flagelles péritriches, aérobies facultatives, besoins nutritionnels simples, sucres fermentants en divers produits finaux

Fermentation acide mixte: forme des quantités importantes d’acides acétique, lactique et succinique; éthanol, quantités égales de CO2 et d’H2 mais pas de butanediol. Escherichia, Proteus, Citrobacter, Edwardsiella, Salmonella, Shigella

2,3- butanediolfermentation: moins d’acides formés, principaux produits butanediol, éthanol, plus de CO2 que de H2

Klebsiella, Serratia, Enterobacter

Rickettsies

Parasites intracellulaires obligatoires, jamais cultivés indépendamment

Typhusfever, Fièvre tachetée des Montagnes rocheuses, fièvre Q

Tous ont des cycles de vie animaux / insectes alternatifs

2. Bactéries à Gram positif.

Majorgroupe. Très diversephysiologiquement, morphologiquement. Structure de paroi cellulaire similaire. Divisé en deux groupes basés sur la teneur en cytosine de l’ADN en guanine & (faible G + C vs Gram positifs élevés G + C). Ces deux groupes sont éloignés au niveau de phyla séparés, bien qu’ils soient traités comme un seul phylum dans notre texte.

Pos de gramme LowG & C: Clostridies, bacilles, bactéries lactiques, mycoplasmes, endospores.

HighG & C Gramme pos: Actinomycètes, Streptomycètes, Bifidobacterium.

FAIBLE GC

1. Faible GC non sporulante:

Staphylococcusaérobie, respiratoire. Tolérer un sel élevé et peut être enrichi sur un milieu riche contenant 7,5% de NaCl. Souvent pigmenté.

Acidbactéries lactiques: produire de l’acide lactique en tant que produit de fermentation majoritaire ou unique. Norespiration : uniquement phosphorylation au niveau du substrat. Anaérobie, butaérotolérant. Limité àhabitats dans lesquels des sucres sont présents. Capacité biosynthétique limitée, donc besoin de milieux complexes.

Homofermentatif:ne produire que de l’acide lactique

Hétérofermentatif: autres produits, EtOH, CO2 et lactate. Manque de l’enzyme aldolase, utilisez la voie du pentose phosphate.

Formation d’endospores à faible GC

Exemples: Bacille aérobie ou aérobie facultative

Clostridium strictement anaérobie, fermentatif

Bactéries du sol! (habitat primaire) Peut être isolé sélectivement d’un échantillon de sol en le chauffant à 80°C pendant 10 minutes (pourquoi?)

Mycoplasmes : murs nocell. Les plus petits organismescapable de croissance autonome. Génome 600-2200 kbp. Résister à la lyse au moyen destérols dans leurs membranes. Certains pathogènes des animaux et des plantes, certaines bactéries du rumen

GRAM POSITIFS À HAUTE TENEUR EN GC

Mycobacterium « acide-rapide » à cause des acides mycoliques sur les cellulesurface, les cellules prennent de la fuchsine et apparaissent rouges. Après la contre-coloration, les cellules non acides apparaissent en bleu. Producteurs lents.

Actinomycètes : Streptomyces, Actinomyces.Filamenteux, forment des filaments ramifiés. On dirait des champignons. Forme des conidies appelées conidies, non liées aux endosporesformed formées par des parois transversales dans les cellules sporophores multinucléées. Du sol, de l’eau. Provoquer l’odeur du sol (métabolites géosmines-strep)

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